参考资料看这里

「一定要在login node下安装R包！！」 🔗

module spider r ## 可以看到有哪些可用的R版本 

You will need to load all module(s) on any one of the lines below before the “mpfr/4.0.2” module is available to load.

 gcc/8.3.0
intel/2019u3

module load gcc/8.3.0 r/4.1.2 ## 加载 R，和其他的modules

然后在terminal输入R，即可打开R界面。安装R包和在本地安装一样，

install.packages("tidyverse",repos = "https://cloud.r-project.org/")

magrittr package版本不对，unload后重装

# Unload the 'caret' package
library(caret, unload = TRUE)

# Install or update the 'generics' package
install.packages("generics")  # Replace with the correct version if needed

# Load the 'generics' package
library(generics)

# Load the 'caret' package
library(caret)

install.packages("magrittr")  # Replace with the correct version if needed
 
# Load the 'generics' package
library(magrittr)
 
# Load the 'caret' package
library(tidyverse)

# Check the version of the 'generics' package
packageVersion("generics")

package RcppEigen had non-zero exit status。🥶🥶🥶解决方案：安装source版本

Loading required package: Matrix Error: package or namespace load failed for ‘glmnet’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, …): unable to load shared object ‘/gpfs/fs1/home/w/PIname/username/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1/glmnet/libs/glmnet.so’: libgfortran.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

Lmod is automatically replacing “gcc/8.3.0” with “intel/2019u4”.

然后我check了我本地电脑的libgfortran文件，但我并没有意识到它在gcc module 下（太无知了…)

然后我就找了一下server上的libgfortran文件，发现别人怎么都有这个文件！！！所以应该不是没有安装的问题。然后我捯饬很久之后发现报错里面写了Lmod is automatically replacing “gcc/8.3.0” with “intel/2019u4”. 这时候我才意识到我的bash里面load了多余的module，因为最开始它提示我加载其中一个，我想着多多益善..应该不影响…🥶🥶🥶

You will need to load all module(s) on any one of the lines below before the “mpfr/4.0.2” module is available to load.

然后我的gcc被替换掉了，所以一直不能attach到这个gcc下的libgfortran文件…🥶🥶🥶

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --cpus-per-task 40
#SBATCH --time=0-08:00:00
#SBATCH --job-name sim_set1_4test
#SBATCH --output=sim_set1_%j.txt
#SBATCH --mail-type=ALL


module load gcc/8.3.0 intel/2019u4 r/4.1.2

MAINDIR=/scratch/w/PIname/username/HDSI
cd ${MAINDIR}

Rscript ${MAINDIR}/R/99_sim_set1_ccdb4_test.R 

将module load gcc/8.3.0 intel/2019u4 r/4.1.2 中的intel/2019u4去掉..done!

然后我们把路径切换到scratch下，或者通过在.sh文件中增加

MAINDIR=/scratch/w/PIname/username/HDSI
cd ${MAINDIR}

把需要用的的数据都传到/scratch/w/PIname/username/HDSI目录下。然后用$scratch sbatch sim_set3_35.sh 提交工作